1999 m. gegužės mėnesį Rotušės pastate pradėjo darbą biudžetinė įstaiga Vilniaus rotušė, 2001 m. reorganizuota į viešąją įstaigą .

Viena svarbiausių, unikalių įstaigos veiklos sričių – reprezentacinių ir protokolinių miesto renginių - iškilmingų Vilniaus miesto savivaldybės tarybos posėdžių, įvairių Vilniaus miesto savivaldybės apdovanojimų, premijų, garbės vardų teikimo ceremonijų, valstybinių švenčių minėjimų, miesto svečių, delegacijų sutikimų bei priėmimų organizavimas ir įgyvendinimas, įvairių savivaldybės įstaigų reprezentacinių renginių (konferencijos , seminarai ir kt.) įgyvendinimas.

Vilniaus rotušėje vyksta valstybinių įstaigų, komercinių įmonių renginiai , kuriems nuomojamos pastato erdvės , teikiama organizacinė pagalba.

Kasmet Rotušėje įvyksta apie 210 kultūros, bendruomeninių, edukacinių renginių - koncertų, literatūrinių vakarų, naujų leidinių pristatymų, dailės kūrinių ir fotografijų parodų, festivalių; tautinių bendrijų susibūrimų, minėjimų, pokalbių; visuomeninių organizacijų (studentų, moksleivių, neįgaliųjų, skautų ir kitų) renginių; ekskursijų- paskaitų .